依据现存的中医史料记载，命门这一名称最早出自《黄帝内经》，书中有三处关于命门的论述，都认为命门指眼睛，它的位置在睛明穴。命门可理解为生命之门，《黄帝内经》从经络腧穴学和诊断学的角度，认为眼睛是脏腑精气凝聚的部位，也是反映生命精神活动状况的窗口，故目为命门。

而《难经》则将命门赋予了藏象意义的内涵，最早提出了“右肾命门说”。如《难经·三十六难》有云：“肾两者，非皆肾也。其左者为肾，右者为命门。”这与《黄帝内经》中之命门相差甚远。中国古代哲学思想对中医理论的形成和发展影响深远，有医家认为《黄帝内经》的“目为命门说”是受到了主火论哲学思想的渗透，而《难经》的“右肾命门说”则是受当时主水论哲学思想的影响，命门学说起源于“水生万物说”。还有另一种观点是命门学说脱胎于道家。

（曾常春）